El protocolo puede perderse, destruirse o deteriorarse, casos en que es necesario reponerlo. Ante esta circunstancia el notario debe dar aviso al juez de primera instancia, el cual deberá instruir averiguación y terminada la misma resolverá declarando procedente la reposición del protocolo y en caso de que exista delito mandará a que se inicie el respectivo procedimiento penal incluso en contra del propio notario. Al declarar procedente la reposición el juez pedirá a la corte suprema de justicia copias de los testimonios especiales enviados por el notario al archivo general de protocolos. Si no existieran testimonios en el archivo se pedirán las copias o duplicados que hubieren en los registros y se citará a los otorgantes y a interesados previniéndoles la presentación de los testimonios o copias que tengan en su poder. Esta citación se hará por avisos en el diario oficial y otro de los de mayor circulación.
Si no fuere posible reponer todas las escrituras el juez tendrá que citar de nuevo a los interesados para consignar en actas los puntos que las escrituras conten ían y en caso de desacuerdo o incomparecencia, los interesados tendrán que recurrir a un juicio en la vía ordinaria.