Las garantías o principios que fundamentan el protocolo, son las de durabilidad y seguridad. Dado que nuestro sistema notarial se concentra en el principio de que los originales o matrices deben de quedar en poder del notario, es necesario rodear y dotar, a tales documentos de una serie numerosa de seguridades. Ello permite la expedición de testimonios, los mismo que la comprobación de la autenticidad de los mismos, en todos aquellos casos en que los documentos notariales sean redargüidos de falsedad.
En síntesis la existencia y fundamentación del protocolo radica en los siguientes aspectos:
a)      Permanencia documental en las relaciones jurídicas: el protocolo notarial constituye una garantía que presta el estado para la efectiva perdurabilidad de los actos jurídicos que requieren la intervención notarial, para su completa validez y eficacia legal;
b)      Garantía de ejecutoriedad de los derechos: la existencia del protocolo y por el ende de los instrumentos o actos jurídicos en él consignados pueden llegar a ser una prueba fehaciente sobre los derechos y sus relaciones jurídicas incorporadas, principalmente en aquellos casos en que la posesión de un título es esencial para ejercitar o ejecutar un derecho, de tal forma que dicho derecho se haya incorporado en cierta manera al documento;
c)       Autenticidad de los derechos: el protocolo desempeña, una función autenticadora en el sentido de que las reglas legislativas atinentes a la formación y conservación del mismo dificultan enormemente la posible y eventual suplantación de documentos autorizados, lo mismo que la interrelación de otros entre los que ya constan debidamente ordenados y fechados;
d)      Publicidad de los derechos: por último, los protocolos cumplen una labor de publicidad, porque los actos o negocios jurídicos que autoriza un notario suelen afectar intereses de terceras personas que no han intervenido en su otorgamiento. Constituye, en consecuencia, el protocolo el mejor procedimiento para que un documento esté al alcance de quien tenga interés en examinarlo y hasta sacar copia del mismo, lo cual sucede frecuentemente en materia de derechos reales.