Existen varias acepciones de la palabra protocolo. Su etimología poco ayuda para esclarecer cual es su sentido propio, pues hay diversidad de opiniones acerca de su origen. Puede resultar de la palabra compuesta del prefijo proto, procedente de la vos griega protos, y el sufijo colo o colon, sobre cuya significación no se ha puesto de acuerdo los autores. Según scriche proviene de la vos latina collium o collatio, que significa comparación o cotejo; pero existen otras series de significaciones asignadas por otros autores.